Muzeum Marynarki Wojennej powstało w dniu 28 czerwca 1953 r. z inicjatywy Dowództwa Marynarki Wojennej, a także szerokiej rzeszy pasjonatów morskiego rodzaju sił zbrojnych i jego historyków. Pierwsze próby gromadzenia pamiątek związanych z polskimi zbrojnymi dziejami na morzu podejmowane były już w okresie międzywojennym, ale ograniczyły się one głównie do formułowania określonych wniosków, postulatów i czysto teoretyczno-koncepcyjnych rozważań. Godną odnotowania koncepcją tego typu z okresu międzywojennego była inicjatywa przedstawiona w czasie odbywającej się w Gdyni w dniach 7 – 9 października 1927 r. konferencji dr Włodzimierz Antoniewicz wystąpił z referatem, w którym postulował utworzenie placówki muzealnej zajmującej się polskimi tradycjami na morzu. Innym ciekawym projektem był projekt znanego publicysty i historyka wojskowości kpt. mar. dr Witolda Huberta, utworzenia odrębnego działu Marynarki Wojennej w ramach Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie, zaś zgromadzone pamiątki i dokumenty miały w przyszłości stać się zalążkiem samodzielnego Muzeum Marynarki Wojennej. Podane przykłady to tylko część inicjatyw i zabiegów zmierzających do założenia Muzeum. Wszystkie postulaty i starania w okresie II Rzeczypospolitej nie doczekały się realizacji, głównie wobec zupełnego braku zainteresowania ze strony czynników państwowych.
Po zakończeniu II wojny światowej i odzyskaniu przez Polskę ponad 500 km dostępu do Bałtyku, problematyka utworzenia morskiej placówki muzealnej ponownie wraca. Wzrasta także znaczenie ukazywania społeczeństwu w trwały i zorganizowany sposób wiedzy na temat dziesięciu wieków historii oręża polskiego na morzu, wzbogaconej dokonaniami polskich marynarzy w latach 1939-1945 i w okresie powojennej służby. To zadanie stało się pilnym dążeniem podyktowanym potrzebą edukacji historycznej polskiego powojennego pokolenia, a także wynikało z konieczności ugruntowania Jego tak istotnej dla przyszłości kraju, świadomości morskiej niezbędnej dla budowania i realizacji polskiej polityki morskiej.
W pierwszych powojennych latach pamiątki związane z historią Marynarki Wojennej gromadzono głównie w Gdyni, urządzając tutaj w 1945 r. wystawę pod tytułem Obrona Wybrzeża w 1939 roku. Ta skromna ekspozycja zlokalizowana w budynku Polskich Linii Oceanicznych przy ulicy 3 Maja spotkała się z nieoczekiwanie dużym zainteresowaniem mieszkańców. Równocześnie w styczniu 1947 r. Muzeum Wojska Polskiego zorganizowało pierwszą w tym gmachu i w Warszawie wystawę prezentującą tradycje Polskiej Marynarki Wojennej. Gromadzenie pamiątek i eksponatów związanych z dziejami Marynarki Wojennej umożliwiło zorganizowanie w 1952 r. kolejnej wystawy marynistycznej w Muzeum Wojska Polskiego. Miała ona tytuł Marynarka Wojenna w służbie Ojczyzny, w służbie pokoju. Sukcesy powyższych wystaw, jak i ogromne zainteresowanie im towarzyszące, a szczególnie wspaniała ocena wspomnianej wystawy Marynarka Wojenna w służbie Ojczyzny, w służbie pokoju, skłoniły Dowództwo Marynarki Wojennej do podjęcia starań sprowadzenia jej do Gdyni, z myślą zorganizowania w mieście stałej ekspozycji poświęconej historii i rozwojowi polskiej morskiej siły zbrojnej. W tym miejscu warto podkreślić, że nieco wcześniej, bo w 1946 r. podczas inspekcji Wybrzeża Naczelny Wódz Wojska Polskiego marszałek Michał Rola-Żymierski zapoznał się z pamiątkami prezentowanymi na wystawie poświęconej obronie Wybrzeża w 1939 r. oraz eksponatami morskimi zgromadzonymi w Gdyni. Spotkało się to z dużym uznaniem i zainteresowaniem marszałka, który wyraził zgodę na utworzenie w Warszawie Muzeum Marynarki Wojennej, jako oddziału Muzeum Wojska Polskiego, przychylając się do takiej koncepcji wysuwanej przez oficerów Marynarki Wojennej i Muzeum Wojska Polskiego. Wkrótce jednak zmieniono lokalizację Muzeum na teren Trójmiasta. Początkowo jego lokalizację zaplanowano na obszarze Westerplatte, ale ze względów technicznych zmieniono ją na Sopot. Tam, w willi przy ówczesnej ulicy Obrońców Westerplatte 18 zamierzano uruchomić specjalistyczną ekspozycję historyczną, a w przyległym ogrodzie rozmieścić elementy uzbrojenia i broni morskiej. Niestety, pomimo tak zaawansowanych działań do powstania Muzeum wówczas nie doszło. Przez następne lata prowadzono więc nadal działalność zmierzająca do gromadzenia i ewidencjonowania kolejnych morskich pamiątek, czym zajmował się powstały w kwietniu 1947 r. Oddział Historyczny Sztabu Głównego Marynarki Wojennej, którego kierownikiem został były dowódca ORP Wicher, kmdr Stefan de Walden.
W tym okresie historia oręża polskiego na morzu, a przede wszystkim najnowszy okres dziejowy były wśród kadry i marynarzy praktycznie nieznane. Ze względów politycznych unikano jednocześnie tematów związanych z okresem II Rzeczypospolitej. 28 czerwca 1953 r. dzięki wspomnianym staraniom Dowództwa Marynarki Wojennej dotyczącym sprowadzenia z Warszawy wystawy pt. Marynarka Wojenna w służbie Ojczyzny, w służbie pokoju, wystawa ta po jej poszerzeniu i wzbogaceniu gdyńskimi zasobami została uroczyście otwarta, dając początek istnieniu Muzeum Marynarki Wojennej - pierwszej morskiej placówce w kraju.
Pierwszą siedzibą Muzeum MW była przedwojenna willa znajdująca się przy gdyńskiej plaży, w której ulokowano wspomnianą ekspozycję, a na przyległym do niej terenie o powierzchni 2000 m ustawiono ciężkie elementy uzbrojenia i wyposażenia okrętowego. Żmudną, pionierska pracę nad utrzymaniem i rozbudową prezentowanej ekspozycji podjęli w tamtych latach pierwszy kierownik Muzeum por. Jerzy OSTASZEWSKI oraz kustosz muzeum mgr Czesław PTAK. W tym samym roku nowym kierownikiem Muzeum MW został kmdr ppor. Czesław KRZYNÓWEK, który te obowiązki pełnił przez kolejne 20 lat. Pierwsi pracownicy Muzeum podjęli ogromny trud wzbogacenia zasobów muzealnych poprzez sprowadzenie nowych historycznych eksponatów, jak np. działa baterii artylerii nadbrzeżnej z Helu, działa wydobytego z wraka stawiacza min ORP Gryf, podwójnego działka przeciwlotniczego typu Bofors z ORP Błyskawica oraz wielu innych niezmiernie cennych eksponatów. Ze składnicy muzealnej w Gdańsku - Oliwie sprowadzono kilkanaście luf armatnich i armat morskich z XVII i XIX w.
Przełom w działalności Muzeum Marynarki Wojennej oraz nowy jakościowo rozwój nastąpił w 1960 r. Wówczas to w skład Muzeum wszedł zasłużony niszczyciel ORP Burza, przekształcony na okręt - Muzeum. Okręt ten w czasie jego 15.letniej działalności muzealnej zwiedziło ponad 3,7 mln. osób. Liczba ta jest imponująca, zważywszy na fakt, iż ówcześnie sezon wystawienniczy na okręcie trwał od 01.05. do Święta Wojska Polskiego, przypadającego wówczas w dniu 12.10. Wiek dotychczasowej siedziby naszego Muzeum oraz jej stan techniczny spowodował, że ze względu na bezpieczeństwo zwiedzających musiano ograniczyć ilość osób przebywających jednocześnie w budynku, aż w maju 1969 r. zapadła decyzja o całkowitym zamknięciu obiektu. Jego stan techniczny uniemożliwiał bowiem dalsze użytkowanie. Aby nie pozbawić tysięcy turystów możliwości poznawania historii Marynarki Wojennej, przygotowano doraźną ekspozycję, która umieszczono w budynku dawnego kina, jakie funkcjonowało przy Klubie Marynarki Wojennej. Nowa wystawę zajmującą wspomniane pomieszczenie o powierzchni 70 m. oddano do zwiedzania w dniu 09 maja 1970 r. Na początku lat 70. przystąpiono do realizacji projektu stworzenia ciągu spacerowego od plaży w Gdyni do Polanki Redłowskiej. Przystąpiono do budowy Bulwaru Nadmorskiego. Te nowe rozwiązania urbanistyczne pociągnęły za sobą konieczność zburzenia nie użytkowanego budynku Muzeum, a także sali ekspozycyjnej przy Klubie MW. Prace te przeprowadzono w marcu 1974 r. Równocześnie zarysowały się perspektywy wybudowanie nowego gmachu Muzeum. Zespół pracowników przygotował więc założenia techniczne, które posłużyły do opracowania właściwego projektu architektonicznego. Jego autorem był inż. arch. Daniel OLĘDZKI z firmy Miastoprojekt, który opracował plan budowy nowego budynku dla Muzeum o powierzchni 3,5 tys. m. Niestety, regres ekonomiczny kraju odsunął na bliżej nieokreśloną przyszłość realizację tego zamierzenia. Z chwilą zamknięcia ekspozycji muzealnej i wyburzenia starego gmachu Muzeum, ówczesny dowódca Marynarki Wojennej, wiceadm. Ludwik JANCZYSZYN podjął decyzję o przekształceniu dotychczasowego dziedzińca wystawowego w reprezentacyjny teren eksponujący uzbrojenie i broń morską na przestrzeni lat funkcjonowania Marynarki Wojennej. Dużym nakładem pracy wielu ludzi Ekspozycja Broni i Uzbrojenia Morskiego została ukończona latem 1975 r., a uroczystego jej otwarcia dokonał dowódca Marynarki Wojennej 26 czerwca tegoż roku.
W 1976 r. następuje kolejna istotna zmiana w strukturze organizacyjnej Muzeum MW. Otóż w tym roku, z dniem 1 maja działalność w roli okrętu - muzeum rozpoczął ostatni polski okręt z okresu II wojny światowej, słynny niszczyciel ORP Błyskawica, który zastąpił w tej roli ORP Burza. Rozstanie z ORB Burza wynikało z jej złego stanu technicznego, szczególnie ze względu na poważne osłabienie poszycia kadłuba okrętu. W tym okresie obowiązki kierownika Muzeum MW przyjął kmdr Zdzisław WAŚKO, który pełnił je do 1982 r., kiedy stanowisko to objął kmdr Rafał WITKOWSKI. Podobnie jak wcześniej ORP Burza, również ORP Błyskawica cieszy się ogromnym zainteresowaniem zwiedzających z kraju i zza granicy. Jest jednym z nielicznych okrętów - muzeów przystosowanych do zwiedzania. Dotychczas zwiedziło Ją około 5,5 mln. osób.
Muzeum Marynarki Wojennej, które w 2003 r. obchodziło jubileusz 50. lecia swojego istnienia na stałe wrosło w gdyński pejzaż. Dziś trudno wyobrazić sobie Skwer Kościuszki bez wspaniałej sylwetki Błyskawicy, czy też Bulwar Nadmorski pozbawiony Ekspozycji Plenerowej Broni i Uzbrojenia Morskiego. Upowszechnianie i popularyzacja historii Marynarki Wojennej RP to jeden z głównych filarów działalności naszego Muzeum. Posiadana oferta ekspozycyjna, prezentująca bogate i piękne dzieje oręża polskiego na morzu skierowana jest nie tylko do kadry i marynarzy, ale przede wszystkim do licznej rzeszy zwiedzających z kraju i zza granicy. Utrzymująca się od wielu lat wysoka popularność naszej palcówki muzealnej powoduje, że do końca XXX sezonu wystawienniczego zwiedziło ją prawie 11 mln. osób. Ta imponująca liczba to wynik wysiłku, jaki został poniesiony w przygotowaniu naszych obiektów do zwiedzania, ale także, a może przede wszystkim jest dowodem i wskaźnikiem zainteresowania dziejami Marynarki Wojennej RP. Utwierdza nas również w przekonaniu o kontynuacji tego dzieła i rozwijaniu naszej działalności, która poza dotychczasowymi formami działalności coraz bardziej skłania się ku powstającej nowej siedziby naszego Muzeum obok Ekspozycji Plenerowej Broni i Uzbrojenia Morskiego. Rosnąca popularność Muzeum Marynarki Wojennej wywołuje również systematyczny napływ bezcennych eksponatów i pamiątek, które w nieoceniony sposób wzbogacają muzealne zasoby.
